Bioinformatik Blog


Fragen und Antworten #3


Nur der Vollständigkeit halber will ich das hier jetzt mal posten, da ich hier schon zwei Fragen und Antworten Beiträge stehen habe und heute noch so ein Gespräch geführt habe. Vielleicht interessiert es ja mal irgendwann jemanden. ;) An einigen Stellen habe ich meine ursprünglichen Antworten noch ein wenig ergänzt, weil mir nachher noch Dinge eingefallen sind.

Wie bist du zur Informatik gekommen?
Ich bin halt mit Computern aufgewachsen. Habe schon früh rumexperimentiert, kleinere Sachen programmiert (aber nie hardcore mit C oder so). Nachdem ich im Mechatronik-Studium dann ziemlich gescheitert bin und nur Informatik wirklich gut geklappt hat, habe ich das Studium gewechselt. Habe dann halt Bioinformatik studiert, weil mich beide Themengebiete schon immer sehr interessiert haben. Die Entscheidung habe ich auch nie bereut.

Was ist das Beste daran Informatiker zu sein?
Ich kann da nur für die Software-Entwicklung sprechen, weil ich mich in den anderen kaum bis gar nicht auskenne.
Für mich ist Software-Entwicklung (wenn sie richtig gemacht wird) eine super erfüllende Aufgabe, weil man permanenten Fortschritt hat. Außerdem sieht man meist sofort was man geschafft hat. Und dank TDD kann man eigentlich auch kaum Fehler machen. Das ist natürlich eine sehr akademische Vorstellung, aber dieses Ziel zu erreichen, ist für mich definitiv eine große Motivation.

Und was ist weniger toll?
Weniger toll ist bspw. dass man wenn man von der Uni kommt, absolut gar nicht auf die Realität vorbereitet ist. Und man muss immer am Ball bleiben, weil sich alles extrem schnell entwickelt. Außerdem hat man es meist nicht mit einer grünen Wiese zu tun und wenn man in den Genuß kommt alte Anwendungen ändern zu müssen, ist das meistens der Horror. Und man hat natürlich nicht unbedingt den gesündesten Arbeitsplatz.

Wie wird sich deiner Meinung nach der Bereich Software-Entwicklung in den kommenden Jahren entwickeln?
Puh. Schwierig. Da gibt es mehrere Faktoren, die da reinspielen werden, denke ich.

  1. Mobile Anwendungen werden immer wichtiger und sie bringen auch neue Konzepte mit. Ich denke auch, dass sich insbesondere im Bezug auf cross-platform Development noch eine Menge tun wird. Weil gleichzeitiges Entwickeln für zig Zielsysteme einfach zu teuer ist.
  2. Altanwendungen wird es immer geben. Angeblich laufen immer noch riesige Anteile aller Software auf COBOL. Das wird auch noch eine Auswirkung auf Software-Entwicklung generell haben.
  3. Klassiche Anwendungsentwicklung wird wohl mehr und mehr durch App-Entwicklung abgelöst werden. Weil es immer interessanter wird Webtechnologien für leichtgewichtige Entwicklung einzusetzen, wird das mit Sicherheit auch weiter wachsen. Auch weil auf immer mehr Plattformen App-Stores implementiert werden etc.

Besonders interessant finde ich außerdem, dass Informatik immer weiter aufgefächert wird (siehe auch nächste Frage).

Wie müssten Menschen sein, die in diesem Bereich arbeiten, um diese Veränderungen tragen bzw. voranbringen zu können?
Es geht immer mehr dahin, dass Leute sich spezialisieren. Generelle Informatiker wird es irgendwann wahrscheinlich gar nicht mehr geben. Es reicht nicht mehr nur Informatik studiert zu haben. Man muss mehr Wissen mitbringen. Fachkenntnisse sind Gold wert (siehe Bioinformatik, Chemoinformatik, Luft- und Raumfahrtinformatik etc.). Und darüber hinaus werden Soft-Skills immer wichtiger. Software-Entwicklung ist ein Teamsport. Das Klischee vom einsamen Bastler im dunklen Keller ist total überholt. Wenn man nicht vernünftig mit anderen zusammenarbeiten kann, macht man sich das Leben unnötig schwer. Das haut nämlich nicht hin.

Ich denke der ganze Bereich muss sich da etwas ändern. Es gibt zu viele Generalisten. Man braucht aber Spezialisten für verschiedene Themen. Auf einer Baustelle verlegt ja auch nicht der Maurer die Kabel. Das ist eine Entwicklung, die in unserer Branche noch total fehlt.

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Fragen und Antworten #2


Heute ist mir wieder eine eMail mit Fragen in die Inbox geflattert. Diesmal geht es um die Tätigkeiten eines Bioinformatikers an sich und ein paar andere Themen. Ich poste das in Absprache mit dem Absender und in der Hoffnung, dass es noch jemand interessant findet. :)

Hättest du eventuell einen Link zu einer Seite auf der man etwas über die allgemeine Arbeit der Bioinformatiker erfährt? Im Internet ist leider nur schwer etwas zu finden.

So ganz spontan fällt mir jetzt ehrlich gesagt leider kein Link ein. Tut mir Leid. Grundsätzlich erkläre ich das immer so: Biologie nutzt heute Methoden, die gigantische Datenmengen erzeugen (Genome-Sequencing zum Beispiel). Diese Daten kann man nicht mehr von Hand auswerten, sondern nur mit Hilfe eines Computers (oder ggf. sogar eines großen Rechenclusters). Biologen kommen bisher in ihrer Ausbildung nur recht selten mit Computern in Berührung und dann beschränkt es sich auch meistens auf die Bedienung bestimmter Programme. Hier muss also jemand einspringen, der Software entwickeln, Computer bedienen und gleichzeitig auch biologische Probleme verstehen kann. Grundsätzlich arbeitet man also entweder in einem Team mit Biologen und anderen Naturwissenschaftlern und übernimmt die Datenaufbereitung und -analyse, sowie das Finden neuer Methoden für selbiges.

Und dann gibt es noch die Möglichkeit eigenständig als Bioinformatiker bestimmten Themen nachzugehen, die bisher keine Praxisrelevanz haben und daher im Rahmen von Forschungsprojekten weiterentwickelt werden. Potential hat der Bereich Bioinformatik jedenfalls enorm viel, denn der Bedarf an bioinformatischen Methoden und natürlich auch an Bioinformatikern wird in Forschung und Wirtschaft immer weiter steigen. Da bin ich mir sehr sicher.

Ansonsten würde mich interessieren, wieso du dich für dieses Studium entschieden hast, ob es deinen Vorstellungen entsprach und natürlich ob es schwer war.

Für das Studium habe ich mich entschieden, weil ich zwei Themen kombinieren wollte, dir mir sehr am Herzen liegen bzw. mich begeistern. Die Vorstellung etwas zu studieren, was mich gar nicht interessiert, fand ich gruselig. Biologie und Informatik zu kombinieren war daher schon wirklich perfekt. Weitestgehend entsprach es schon meinen Vorstellungen. Ich habe eine ganze Reihe sehr interessanter Veranstaltungen aus der Biologie besucht und auch viele wichtige und interessante Dinge über Informatik gelernt, wobei letzteres an der Universität Tübingen den größeren Anteil des Studiums ausmacht. Und dann gibt es natürlich auch noch ein paar spezielle Bioinformatik-Themen, die ebenfalls Teil des Studiums waren. Thematisch waren die Vorlesungen hier allerdings oft recht angestaubt und nicht so ganz auf dem aktuellen Stand.

Insgesamt war das Studium auf jeden Fall sehr anspruchsvoll und ich bin mir sehr sicher, dass es ohne den guten Zusammenhalt meines Jahrgangs nicht geklappt hätte. Biologie und Informatik sind recht gegensätzliche Themen. Wenn man persönlich eher eine Neigung zu einem der beiden Themen hat, ist das andere oft etwas problematisch. Die recht klar strukturierte analytische Vorgehensweise der Informatik hilft bei biologischen Themen bspw. oft eher nicht weiter, sondern ist sogar hinderlich. Und dann gibt es natürlich auch die üblichen Hürden, bspw. die Mathematik-Klausuren. Soweit ich das beurteilen kann, ist Bioinformatik aber auch nicht deutlich schwerer oder leichter als andere Studienrichtungen. Hängt von so vielen verschiedenen Faktoren ab, dass sich das sicher nicht so pauschal beantworten lässt. Vor allen Dingen kenne ich ja auch nur die Situation an der Uni Tübingen.

Waren abgesehen von persönlichen Stärken/Schwächen Theorie oder Praxis schwerwiegender?

Da ich an einer Universität studiert habe, war in meinem Fall die Theorie deutlich im Vordergrund. Praxis beschränkte sich auf einige wenige Praktika (bspw. Chemie, Programmieren, Tierphysiologie) und die mit den Informatik-Vorlesungen verbundenen Übungsaufgaben, die man meistens jede Woche abgeben musste. Darüber hinaus war von Praxis nicht sonderlich viel im Studium vorgesehen. Dabei darf man natürlich nicht vergessen, dass eine Universität eben eine Forschungseinrichtung ist und man daher keinerlei Bezug auf die Praxis in der Wirtschaft erwarten kann. Das war in meinem Fall (leider) genau der Fall.

Was haben sich deine damaligen Kollegen so unter diesem Beruf vorgestellt?

Das kann ich nicht beantworten. So richtig konkrete Vorstellungen hatten wir zu Studiumsbeginn alle nicht, glaube ich. Und die meisten meiner Kommilitonen, mit denen ich heute noch in Kontakt stehe, sind nicht in der Bioinformatik geblieben, sondern haben sich in unterschiedliche Bereiche der Informatik orientiert. Bioinformatik ist noch ein relativ junger Fachbereich und daher gibt es hier wohl die meisten Jobs noch in der Forschung. In der freien Wirtschaft wird nur selten konkret nach Bioinformatikern gesucht, weil mit dem Begriff viele Personalchefs auch noch nichts anfangen können. (Vor allem wenn man mal mit anderen *-informatik Ausbildungen vergleicht und deren tatsächlichen Informatik-Anteil anschaut.) Nach und nach wird sich das aber ändern, auch im Hinblick auf andere Informatik-Spezialisierungen, die neuerdings auftauchen. Bspw. habe ich neulich gelesen, dass es jetzt irgendwo einen Studiengang für Luft- und Raumfahrt-Informatik gibt. Und Chemo-Informatik ist ja auch keine Neuheit mehr.

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Fragen und Antworten


Heute habe ich ein per eMail einige Fragen zum Bioinformatik-Studium bekommen. Die Fragen und meine Antworten blogge ich jetzt auch mal hier. Vielleicht interessiert das ja noch jemanden. :)

Beim Stöbern hab ich vor Allem den Eindruck bekommen, dass es z.T. ganz schon chaotisch zugehen kann, aber das wird wohl an jeder Uni der Fall sein.

Im Zuge der Umstellung auf Bachelor/Master ist es überall zum totalen Chaos gekommen…das stimmt. Hat sich auch bis heute nicht so richtig gelegt habe ich das Gefühl. Aber Unis sind generell total chaotisch und vor allen Dingen im Bereich der Interdisziplinarität gibt es immer Probleme, weil die verschiedenen Institute normalerweise nicht mit einander klar kommen. Traurig, aber wahr.

Ich hab gehört, dass Bioinformatik recht schwer sein soll – kam dir das auch so vor?

Ich habe vorher zwei Semester Mechatronik in Dresden studiert. Im Vergleich zu Ingenieur-Studiengängen ist Informatik auf jeden Fall eher eine leichtere Wahl. Allerdings gehört zur Informatik Mathematik, Logik und oft auch Elektrotechnik (in begrenztem Ausmaß, aber kann trotzdem ein Stolperstein sein). Es gibt auch Phasen, in denen man einfach durchhalten muss…vor allen Dingen im Grundstudium, wenn man bei vielen Dingen noch so gar nicht erkennt, warum man sich mit einem bestimmten Thema nun herumschlagen soll. (Das ist aber in nahezu jedem Studiengang so.)

An dieser Stelle sollte ich vielleicht erwähnen, dass Bioinformatik auch an unterschiedlichen Unis unterschiedlich aufgebaut ist. Hier in Tübingen liegt der Fokus eher auf der Informatik. Es gibt auch Unis, bei denen eher die Biologie im Vordergrund steht. Vorkenntnisse in Informatik und Biologie machen dir im Studium das Leben natürlich um einiges leichter. Normalerweise wird aber sehr weit im Urschleim angesetzt in den ersten Vorlesungen, so dass man auch ohne Vorwissen gut einsteigen kann.

Wo kommt man nach dem Studium mit Bioinformatik unter?

Möglichkeiten gibt es jede Menge. So viele, dass man gar nicht weiß, wofür man sich entscheiden soll. Du kannst als Bioinformatiker in der Wissenschaft bleiben und forschen. An den meisten Einrichtungen, die auch nur im entferntesten mit den Life Sciences in Berührung kommen, werden Bioinformatiker gebraucht. In der Wirtschaft gibt es auch viele Einsatzgebiete, da die Biotechnologie-Branche immernoch stark wächst.

Außerdem ist man ja auch Informatiker und kann somit theoretisch auch eine Stelle ohne Biologie-Bezug annehmen. Die Herausforderung ist nicht eine Stelle zu finden, sondern etwas zu finden, für das du dich begeistern kannst, damit du auch auf längere Zeit Spaß hast daran zu arbeiten. (Ich habe das bisher bspw. nicht so richtig gefunden.)

Worüber schreibt man denn z.B. seine Masterarbeit?

Och…über alles mögliche. Ich selber sitze in einem Biologie-Projekt und schreibe über eine bestimmte computergestützte Datenanalyse und alles was damit zusammenhängt. Einige meiner Kommilitonen haben Arbeiten im Bereich der theoretischen Informatik geschrieben, die nur ganz am Rand mit Biologie in Berührung kommen. Es gibt auch Arbeiten, bei denen man „einfach nur“ einen Teil eines großen Softwareprojekts entwickelt.

Neben den Arbeiten, die die Universitätsinstitute ausschreiben, kann man auch versuchen in einem Forschungsinstitut eine Arbeit zu ergattern. Die nehmen motivierte Studenten normalerweise auch sehr gerne. Generell kann man sagen, dass alle, die Wissenschaft betreiben, jede Menge offene Fragen herumliegen haben. Man muss sich da einfach umhören und vor allem klar sagen, woran man interessiert wäre.

Wie war die Atmosphäre unter den Bioinformatikern/allgemein?

Ich habe mich hier im Studium sehr wohl gefühlt. Mit meinen Kommilitonen hatte ich viel Kontakt. Wir haben Aufgaben etc. immer in diversen Gruppen gelöst, weil man alleine eigentlich gar nicht das Studium und das ganze Organisationschaos durchsteht.

Die Atmosphäre allgemein ist Geschmackssache. Eine Universität ist ein Ort akademischer Forschung. Mir persönlich gefallen die Eigenheiten akademischer Forschung nicht so richtig und ich fühle mich da mittendrin nicht so richtig wohl. Aber das ist nur mein ganz persönliches Gefühl.

Wenn du Tübingen speziell meinst: Ich finde die Umgebung hier extrem angenehm und habe gerne 5 Jahre hier verbracht.

Würdest du es wieder studieren?

Nein. Inzwischen würde ich die Biologie weglassen und reine Informatik studieren, weil mich Biologie zwar fasziniert, aber die alltägliche Arbeit in diesem Bereich eher nicht das Richtige für mich ist.

Bioinfoblog tot?


Nur der Vollständigkeit halber wollte ich mal erwähnt haben, dass ich durchaus noch lebe. Vom Bioinfoblog kann man das allerdings nicht behaupten.

Ursprünglich war der Plan ja, hier über Bioinformatik allgemein zu schreiben. Im Laufe des Studiums hat sich das Blog dann zur Informationsplattform für den gesamten Jahrgang entwickelt. Tja…und inzwischen sind wir alle mehr oder weniger mit dem Studium fertig und jeder geht seinen eigenen Zielen nach. Damit ist für eine zentrale Informationsstelle kein Bedarf mehr da.

Was in Zukunft aus dieser Seite wird, weiß ich momentan noch nicht. Gerne würde ich zur ursprünglichen Idee zurückkehren und allgemein über Bioinformatik schreiben. Da müsste ich mir dann aber wohl erst einmal genauer Gedanken drüber machen, was momentan bedingt durch meine ausstehende Masterarbeit nicht wirklich möglich ist.

Ich bin natürlich auch ganz Ohr, wenn jemand (falls das hier tatsächlich jemand liest) eine Idee für die Seite hätte oder einfach nur hier bloggen möchte. Dann ruhig einfach mal eine eMail schreiben!

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„Prologna“

Hier war lange nichts mehr zu lesen. Das ist einerseits Schade, aber auf der anderen Seite ist es ja auch in gewisser Weise ein Indikator, dass die studiumsbedingten Probleme sich momentan zumindest in Grenzen halten. Ich möchte dennoch mal einen kleinen Hinweis hier lassen:

Im UniSPIEGEL steht heute ein Artikel von Tilman Brück, in dem er zu erklären versucht, warum er persönlich „Prologna“, also für den Bologna-Prozess, ist.

Bei den Visionen und Chancen deckt er wieder fast alles ab, was man in den letzten Jahren ohnehin schon unzählige Male gehört hat. Bei den existierenden Problem hält er dafür leider sehr zurück und kratzt nur an der Oberfläche. Wiedermal bekommt man das Gefühl, dass die wirklich relevanten Probleme, die die ganze Aktion hervorbringt, gar nicht „nach oben“ durchdringen, sondern irgendwo ziemlich weit unten in der Macht-Hierarchie des deutschen Bildungssystems erstickt werden.

Immerhin kommt er aber auf die Akkreditierung der Studiengänge zu sprechen und erwähnt deren Sinnlosigkeit, wenn man sich das „big picture“ anschaut, das hinter der Bologna-Reform steckt.

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Prüfungsanmeldung WS 2009/2010


In den vergangenen Tagen gab es viel Irrungen und Wirrungen im Bezug auf das ominöse neue QIS-System zur Prüfungsanmeldung. Heute habe ich mich bei Frau Weber erkundigt und sie hat mich informiert, dass das QIS-System nur für Bachelor und Master im ersten Semester von Bedeutung ist. Master im dritten Semester melden sich wie bisher mit dem Papier-Formular an. (Link siehe unten.)

Die Anmeldefrist wurde dieses Semester deutlich verlängert und das Formular muss erst bis zum 1. Dezember eingereicht werden.

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Informationsveranstaltung WS09/10


Update: Die Veranstaltung fällt aufgrund von „technischen Gründen“ leider aus. (Ob lediglich die QIS-Live-Vorführung abgesagt wurde oder jetzt die ganze Informationsveranstaltung ausfällt, ist nicht ganz klar.) Ein neuer Termin wird sobald er besteht auf der FSI-Mailliste bekanntgegeben.

Ein wichtiger Hinweis ging eben über die Mailliste, der alle Bachelor- und Masterstudenten betrifft. Da nicht alle die Maillist abonniert haben, packe ich das mal hier mit drauf:

Am 10. November findet um 17:35 Uhr im Hörsaal N5 auf der Morgenstelle eine Informationsveranstaltung mit Live-Demonstration des neuen QIS-Systems zur Prüfungsanmeldung statt.

Außerdem hat Prof. Lange eine Liste von Veranstaltungen veröffentlicht, die dieses Semester als Masterveranstaltung ausgeschrieben sind, aber auch von Bachelor-Studenten besucht werden dürfen:

  • Multimediatechnik-Praktikum
  • Vorlesung Drug Design 2
  • Seminar Computational Proteomics
  • Praktikum Integrative Bioinformatik
  • Praktikum Structure-Based Drug Design
  • Vorlesung Concurrent Programming
  • Vorlesung Datenbanksysteme II
  • Vorlesung Parametrisierte Algorithmen
  • Vorlesung Verifikation eingebetteter Systeme
  • Client/Server Praktikum
  • Seminar Eingebettete Systeme
  • Seminar Embedded Software Engineering
  • Programmieren mobiler eingebetteter Systeme: Praktikum

Master-Effekt: Nullrunde auf dem Arbeitsmarkt


In der letzten Zeit habe ich in Unterhaltungen öfters mal von einer Studie geredet, die die FH Düsseldorf veröffentlich hat. Inhalt sind die Ergebnisse einer Befragung verschiedener Unternehmen bezüglich der Einstellungskriterien für Bachelor- und Master-Absolventen. Natürlich kann man über die Anwendbarkeit der Ergebnisse auf die Bioinformatik diskutieren, aber ich finde die Ergebnisse auf jeden Fall erschreckend. Vor allem wenn man bedenkt, dass an der Uni die Meinung sehr vertreten ist ein Bachelor sei ohne anschließenden Master nichts wert.

Was mir wieder besonders ins Auge gestochen ist: Die meisten Unternehmen erwarten von ihren Bewerbern sehr viel Praxiserfahrung. Darauf ist das Studium momentan definitiv noch nicht ausgerichtet.

Etwas Schade ist, dass der Vergleich zu Diplom-Absolventen fehlt. Wobei sowieso jeder weiß wie das aussehen würde, oder?

Hier findet sich die Studie als PDF.

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Hinweis zum Prüfungssekretariat

Wegen Krankheit ist unser Prüfungssekretariat voraussichtlich die nächsten 6 Wochen nicht besetzt. Die Vertretung übernimmt Frau Hutt. Man findet sie im Sand 13, Zi. B306. Ihre Sprechzeiten sind ein wenig anders als gewohnt:

  • Dienstag: 9.45 – 11.00 Uhr, 14.00 – 15.30 Uhr
  • Mittwoch: 9.45 – 11.00 Uhr
  • Donnerstag: 9.45 – 11.00 Uhr, 14.00 – 15.30 Uhr

Die Prüfungsanmeldungen müssen bis zum 15. Mai bei ihr abgegeben werden. Denkt auch an die Festlegung eures Schwerpunkts.

via Bioinfoblog (Jahrgang 2006) und WSI

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Rückmeldung – Jetzt aber…

Mit leichter Verspätung in diesem Semester möchten wir euch mal wieder erinnern, dass die Rückmeldefrist am 15. Februar abläuft.
Ganz interessant ist, dass diesesmal die Möglichkeit (zumindest in BaWü) besteht sich von den Studiengebühren befreien zu lassen, sofern man zwei oder mehr Geschwister hat und diese nicht von den Studiengebühren befreit wurden.
Das benötigte Befreiungsformular findet ihr hier: Antragsformular 2009.
Abzugeben ist dieser Antrag bis spätestens vor Vorlesungsbeginn.
Weitere Informationen rund um die Studiengebühren findet ihr auf der offiziellen Universitätswebsite.

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